یکى از مهم‌ترین بناهای عصر صفویه که پیش‌تر به نامهای مسجد شاه، مسجد سلطانى جدید و جامع عباسى شهرت داشت. این مسجد در ضلع جنوبى میدان نقش جهان واقع شده است و چنانکه از مآخذ برمى‌آید، بنای آن در سومین مرحله از اجرای طرح میدان نقش‌جهان به‌فرمان شاه عباس‌بزرگ (سل 996- 1038ق/ 1588-1629م)آغاز گردیده، و در دوره شاه‌صفى(سل 1038-1052ق/ 1629-1642م) به پایان رسیده است.
به گفته منجم، ساختمان مسجد در 15 صفر 1020ق/19 آوریل 1611م با تهیه «اسباب و آلات و مصالح بناء» آغاز گردید (ص 411). به استناد کتیبه کاشى معرق سر در که به خط ثلث علیرضا عباسى است، نخستین بخش بنا، یعنى ورودی اصلى، در تاریخ 1025ق/1616م احداث شد، اما بنابر کتیبه ایوان غربى که به خط محمدرضا امامى است، تکمیل بنای داخلى مسجد تا 1040ق/1630م، ادامه یافت و با نصب ازاره‌های مرمرین آن در حدود سال 1047ق/1637م، در زمان شاه صفى خاتمه پذیرفت (هنرفر، 427، 429؛ گدار،
.(II(1)/109-112
درِ نقره‌پوش ورودی مسجد با نقشهای تزیینى و اشعار فارسى، سروده «واهب»، به خط نستعلیق برجسته (احتمالاً به قلم عبدالرشید دیلمى، معروف به رشیدا)، نیز از آثار دوره شاه صفى است که در 1046ق/1636م به اتمام رسیده، و نصب شده است (هنرفر، 433- 434).
دیگر کتیبه‌های مسجد به خط معروف‌ترین خوشنویسان عصر صفوی است که در برخى از آنها نام کاتب و تاریخ کتابت نیز آمده است، از جمله محمدرضا امامى در کتیبه‌های ذیل کتیبه اصلى سر در (بدون تاریخ)، محرابهای شبستان شرقى، ایوان غربى، محراب شبستان‌ِ زمستانى غربى (1077ق)، ایوان جنوبى و محراب مدرسه ناصری، درِ جنوب شرقى مسجد، سر درِ بیرونى مدرسه سلیمانیه، درِ جنوب غربى مسجد (1078ق) (همو، 441-443، 451، 455، 457)؛ عبدالباقى تبریزی در کتیبه‌های داخلى ایوان و گنبد جنوبى، ایوان شمالى و گنبد غربى (1035 و 1036ق) (همو، 438-451)؛ محمدصالح اصفهانى در کتیبه بالای محراب اصلى و محراب گنبد شرقى (1038ق)؛ محمد محسن امامى در کتیبه داخل محراب ایوان جنوبى مدرسه ناصری (1095ق) (همو، 450، 454- 455).
مسجد امام اصفهان مسجدی است 4 ایوانى به ابعاد 100ئ130 متر (بدون محاسبه زیربنای مدخل) با صحنى وسیع (70 ئ 70 متر) (بلر، مشتمل بر طاقگان در هر ضلع و ایوانى در مرکز هر طاقگان. ایوان جنوبى با دو مناره باریک و بلند به ارتفاع 48 متر (نیکزاد، 98) که در هر جبهه آن پیشنمای گنبدی عظیم با 52 متر ارتفاع از سطح زمین و 25 متر قطر خارجى، شبستان را تشکیل مى‌دهد (بلر، 189 ؛ پاپادوپولو، .(515 گنبد دو پوسته پیازی با 14 متر اختلاف ارتفاع میان دو پوسته بیرونى و درونى (همانجا)، بر روی گریو استوانه‌ای سوار شده که خود بر مرحله انتقالى 16 ضلعى قرار گرفته است. در دو جانب شبستان مسجد که خود محراب و منبری رفیع در آن قرار دارد، دو شبستان زمستانى مستطیل شکل واقع است که هر یک به 8 فضا با طاق قوسى روی ستونهای سنگى تقسیم مى‌شود. دو ایوان شرقى و غربى به خلاف شیوه‌های مرسوم در مساجد ایران به اطاقهای گنبددار منتهى مى‌گردند که احتمالاً از طرح مسجد جامع تیموری سمرقند، معروف به بى‌بى خانم، اقتباس شده است (بلر، همانجا). ایوان شمالى مسجد از طریق دهلیزی به ورودی اصلى که بر روی میدان باز مى‌شود، متصل است. در سمت شمال شرقى آن دهلیزی طاقدار به صحن کوچکى راه دارد که مختص آبریزگاه است.
مسجد امام اصفهان با تکیه بر تجربیات گذشتگان در طرح بنا و تزیینات، به‌نهایت اوج تحول معماری مساجد در ایران نایل مى‌آید. با آنکه برنگاره (پلان) آن براساس مساجد 4 ایوانى رایج در ایران، و اسلوب بنایى و شکلهای معماری آن اساساً دنباله‌رو نمونه‌های گذشته (از جمله مسجد جامع اصفهان) است، نمونه بارزی از تدابیر معماران در ترکیبهای نوین‌ِ برگرفته از سنتهای کهن معماری ایران به شمار مى‌آید. از جمله ابداعات این بنا، الحاق دو مدرسه ناصری و سلیمانیه در جبهه‌های جنوب شرقى و جنوب غربى به صحن مسجد است که هر یک به شکل مستطیلى با طاقگان به دور صحنها و ایوانهای کوچک‌تر به موازات شبستان مسجد قرار دارند (هنرفر، 454-457). افزون بر آن، با وجود عظمت و گستردگى سطح و ارتفاع بنا و پیچیدگى برنگاره مسجد، تناسب اجزاء ساختمان دقیقاً رعایت، و قرینه‌سازی در حد اعلا حفظ شده است.
از دیگر تدابیر معماران و طراحان بنای مسجد، رابطه آن با میدان است (نک: ویلبر، .(406-407 ناهماهنگى محورهای میدان با دو مسجد واقع در دو ضلع آن (امام و شیخ لطف‌الله) چند تن از محققان را به تعمق واداشته است. ظاهراً برنامه‌ریزی و نخستین مرحله اجرای طرح میدان در 999 یا 1000ق، یعنى حدود 20 سال پیش از شروع ساختمان مسجد امام بوده است (افوشته‌ای، 376-377؛ منجم، 113). به استناد نوشته افوشته‌ای نطنزی، میدان در این مرحله صرفاً برای «چوگان بازی و اسب تازی» مسطح شده بود و از این‌رو، نیازی به برابری محور آن با قبله نداشت (همانجا؛ نیز نک: مک‌چزنى، .(114-115 مرحله دوم احداث میدان مربوط به سالهای 1011 و 1012ق/1602 و 1603م است که شامل بنای سر در قیصریه (بازارخان) و بازارهای اطراف میدان و مسجد شیخ لطف‌الله و عمارت دو طبقه‌ای در جهت غربى میدان بود که بعداً به ساختمان 5 طبقه عالى‌قاپو تغییر یافت (منجم،
نمای مسجد امام اصفهان
236-237؛ مک‌چزنى، .(116-117 بر این اساس تصمیم به بنای دو مسجد در این میدان مدتى پس از طرح و نخستین اجرای آن گرفته شده است و در نتیجه، محورهای داخلى مساجد با محور میدان برابری نمى‌کند.
محور میدان با 4 جهت اصلى مقارن است و به موازات یکى از شاهراههای عمده و قدیمى شهر قرار دارد. ورودی مسجد با بَرِ میدان هماهنگ شده، در حالى‌که بخش داخلى آن، برای تصحیح جهت قبله، 45 به سمت جنوب غربى مى‌گردد. برای رفع ناهماهنگى این دو محور، طراحان مسجد میان ورودی آن و ایوان شمالى، دهلیز مورّبى جای داده‌اند که در عمل گردش محور مسجد پس از ورود به ساختمان تأثیری در خود آگاه بیننده نمى‌گذارد
.
از دیگر نکات قابل توجه در طرح مسجد، نبوغ معماران آن است. در محاسبه نمای ساختمان از دیدگاه میدان، رابطه دید میان بلندترین بخشهای مسجد - یعنى ایوان سر در ورودی و گنبد ایوان مقابل قبله - توسط مناره‌هایى که جفت اول آن با ارتفاع کمتر، گویى انعکاس جفت دوم است، چنان برقرار شده که از دیدگاه میدان نه‌تنها احجام درونى ساختمان مشخص شده، بلکه ژرفانمایى استثنایى نیز پدید آورده است.
بخش عمده شکوه و زیبایى مسجد امام اصفهان برآیند تزیینات کاشى کاری آن است که تمامى سطوح نمایان خارجى و کلیه سطوح داخلى از بالای ازاره‌های مرمری را شامل مى‌شود. شاهکار کاشى‌کاری مسجد در سر در ورودی مشهود است. طرحهای اسلیمى متنوع و کتیبه‌ها با کاشی های معرق اعلا نمای ورودی را مى‌پوشاند. ابزار طنابى با کاشى آبى‌رنگ از دو گلدان نقش برجسته مرمرین برخاسته، قوس ایوان را تزیین مى‌کند. نیم گنبد ورودی با رده‌های مقرنس کاشى کاری از بالای حاشیه کتیبه اصلى که پایه‌گذاری مسجد را اعلام مى‌دارد، منشأ مى‌گیرد. در هر طرف درِ ورودی قاب بند تزیینى با طرحهای ترنج و اسلیمى بر کاشى مرغوب اجرا شده است. برخلاف کاشی های معرق ورودی مسجد، تزیینات دیگر بخشهای ساختمان از کاشیهای خشتى 7 رنگ است که در آنها درجات مختلف رنگ آبى بر دیگر رنگها ارجحیت یافته، به استثنای شبستانها که با کاشیهایى بیشتر به رنگ زرد و سبز در مرمتهای بعد از صفویه پوشیده شده است. کیفیت مصالح و نحوه اجرای کاشیهای 7 رنگ مسجد از کاشیهای معرق ایوان ورودی پست‌تر است. شاید سبب آن هزینه گزاف، و عجله‌ای بوده است که برای به پایان بردن تزیین چنین بنای وسیعى داشته‌اند