تولد و کودکی
به سال 1333 ه.ش در شهرستان میاندوآب در یک خانواده مذهبی و باایمان متولد شد. در دوران کودکی، مادرش را – که بانویی باایمان بود – از دست داد. تحصیلات ابتدایی و متوسطه را در ارومیه به پایان رسانید و در دوره دبیرستان (همزمان با شهادت برادرش علی باکری به دست دژخیمان ساواک) وارد جریانات سیاسی شد.
فعالیت های سیاسی – مذهبی
پس از اخذ دیپلم با وجود آنکه از شهادت برادرش بسیار متاثر بود، به دانشگاه راه یافت و در رشته مهندسی مکانیک مشغول تحصیل شد. از ابتدای ورود به دانشگاه تبریز یکی از افراد مبارز این دانشگاه بود. او برادرش حمید را نیز به همراه خود به این شهر آورد.
شهید باکری در طول فعالیت های سیاسی خود (طبق اسناد محرمانه بدست آمده) از طرف سازمان امنیت آذربایجان شرقی (ساواک) تحت کنترل و مراقبت بود.
پس از مدتی حمید را برای برقراری ارتباط با سایر مبارزان، به خارج از کشور فرستاد تا در ارسال سلاح گرم برای مبارزین داخل کشور فعال شود.
شهید مهدی باکری در دوره سربازی با تبعیت از اعلامیه حضرت امام خمینی(ره) – در حالی که در تهران افسر وظیفه بود – از پادگان فرار و به صورت مخفیانه زندگی کرد و فعالیت های گوناگونی را در جهت پیروزی انقلاب اسلامی نیز انجام داد.
پس از پیروزی انقلاب اسلامی
بعد از پیروزی انقلاب و به دنبال تشکیل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی به عضویت این نهاد در آمد و در سازماندهی و استحکام سپاه ارومیه نقش فعالی را ایفا کرد. پس از آن بنا به ضرورت، دادستان دادگاه انقلاب ارومیه شد. همزمان با خدمت در سپاه، به مدت 9 ماه با عنوان شهردار ارومیه نیز خدمات ارزنده‌ای را از خود به یادگار گذاشت.
ازدواج شهید مهدی باکری مصادف با شروع جنگ تحمیلی بود. مهریه همسرش اسلحه کلت او بود. دو روز بعد از عقد به جبهه رفت و پس از دو ماه به شهر برگشت و بنا به مصالح منطقه، با مسئولیت جهاد سازندگی استان، خدمات ارزنده‌ای برای مردم انجام داد.
شهید باکری در مدت مسئولیتش به عنوان فرمانده عملیات سپاه ارومیه تلاش های گسترده‌ای را در برقراری امنیت و پاکسازی منطقه از لوث وجود وابستگان و مزدوران شرق و غرب انجام داد و به‌رغم فعالیت های شبانه‌روزی در مسئولیت های مختلف، پس از شروع جنگ تحمیلی، تکلیف خویش را در جهاد با کفار بعثی و متجاوزین به میهن اسلامی دید و راهی جبهه‌ها شد.
نقش شهید در دفاع مقدس
شهید باکری با استعداد و دلسوزی فراوان خود توانست در عملیات فتح‌المبین با عنوان معاون تیپ نجف اشرف در کسب پیروزی ها موثر باشد. در این عملیات یکی از گردان ها در محاصره قرار گرفته بود، که ایشان به همراه تعدادی نیرو، با شجاعت و تدبیر بی‌نظیر آنان را از محاصره بیرون آورد. در همین عملیات در منطقه رقابیه از ناحیه چشم مجروح شد و به فاصله کمتر از یک ماه در عملیات بیت‌المقدس (با همان عنوان) شرکت کرد و شاهد پیروزی لشکریان اسلام بر متجاوزین بعثی بود.
در مرحله دوم عملیات بیت‌المقدس از ناحیه کمر زخمی شد و با وجود جراحت هایی که داشت در مرحله سوم عملیات، به قرارگاه فرماندهی رفت تا برادران بسیجی را از پشت بی‌سیم هدایت کند.
در عملیات رمضان با سمت فرماندهی تیپ عاشورا به نبرد بی‌امان در داخل خاک عراق پرداخت و این بار نیز مجروح شد، اما با هر نوبت مجروحیت، وی مصمم تر از پیش در جبهه‌ها حضور می‌یافت و بدون احساس خستگی برای تجهیز، سازماندهی، هدایت نیروها و طراحی عملیات، شبانه‌روز تلاش می‌کرد.
در عملیات مسلم بن عقیل با فرماندهی او بر لشکر عاشورا و ایثار رزمندگان سلحشور، بخش عظیمی از خاک گلگون ایران اسلامی و چند منطقه استراتژیک آزاد شد.
شهید باکری در عملیات والفجرمقدماتی و والفجر یک، دو، سه و چهار با عنوان فرمانده لشکر عاشورا، به همراه بسیجیان غیور و فداکار، در انجام تکلیف و نبرد با متجاوزین، آمادگی و ایثار همه‌جانبه‌ای را از خود نشان داد.